454 sıra No.lu Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği’nin “3. İhracat İşlemlerinde e-Fatura Uygulaması” başlıklı bölümünde; e-Fatura uygulamasına kayıtlı olan mükelleflerden, 25/10/1984 tarihli ve 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanununun 11 inci maddesi kapsamındaki mal ihracı ve yolcu beraberi eşya ihracı (Türkiye’de ikamet etmeyenlere KDV hesaplanarak yapılan satışlar) kapsamında fatura düzenleyecek olanların, bahsi geçen faturalarını da 1/1/2016 tarihinden itibaren e-fatura olarak düzenleyecekleri açıklaması yer almaktaydı.
Bu tarih daha sonra 25.12.2015 tarih ve 29573 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 461 Sıra No’lu VUK Genel Tebliği ile 01.01.2017 ve 15.12.2016 tarih ve 29919 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 475 Sıra No’lu VUK Genel Tebliği ile söz 1 Temmuz 2017 olarak değiştirilmiş, konuyla ilgili açıklamalarımıza son olarak 16.12.2016/142 sayılı Sirkülerimizde yer verilmişti.
Bu değişiklik sonucunda e-Fatura uygulamasına kayıtlı olan mükelleflerden, 25/10/1984 tarihli ve 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 11 inci maddesi kapsamındaki mal ihracı ve yolcu beraberi eşya ihracı (Türkiye’de ikamet etmeyenlere KDV hesaplanarak yapılan satışlar) kapsamında fatura düzenleyecek olanlar, bahsi geçen faturalarını 1 Temmuz 2017 tarihinden itibaren e-Fatura olarak düzenleyeceklerdir.
İhracat faturalarının e-fatura olarak düzenlenmesi zorunluluğu Gümrük Beyannamesi ekinde yer alan mal ihracı faturaları için geçerlidir. Diğer belgelerin (Serbest Bölge İşlem Formu, transit ticaret formu vb.) ekinde yer alan ihracat faturaları, e-fatura kapsamında değildir. Tax free faturası düzenleyen mükellefler uyumlu bir yazılım programı kullanarak yükleme modülü ile ihracat faturası veya tax free faturası düzenleyebilecektir. Bununla birlikte Gelir İdaresi Başkanlığı’nın gerekli çalışmalara başladığı ve GİP portal uygulamasının 1.7.2017 tarihine kadar ihracat ve yolcu beraberi eşya faturası düzenleyebilir hale geleceği belirtilmiştir. İhracat veya tax- free faturalarının e-fatura olarak düzenlenip gönderilmesi yalnızca e-fatura kayıtlı kullanıcısı olanlar için 1/7/2017 tarihinden itibaren zorunludur. E-fatura uygulamasına girme zorunluluk şartlarını taşımayan ihracat veya tax free faturası düzenleyen mükellefler bu tarihten sonra da matbu (kağıt/e-Arşiv) fatura düzenlenmeye devam edecektir.
Mikro ihracata ilişkin kesilecek faturalar gönderici e-arşiv kullanıcısı ise e-arşiv fatura, değilse kağıt ortamında kesilmeye devam edilecektir.
Uygulamayı kullanarak fatura düzenleyen  mükellefler;
1- e-fatura sistemine kayıtlı olmalıdır,
2- Düzenleyecekleri ihracat faturalarında alıcı bilgilerine ilaveten Gümrük ve Ticaret Bakanlığının bilgilerine de yer vermelidir.
3- Düzenlenen faturalar (gümrük beyannamesi ekinde gönderildiğinden) Gümrük ve Ticaret Bakanlığı sisteminde görünmelidir.
Söz konusu faturaların e-Fatura olarak düzenlenmesi ve gönderilmesine ilişkin usul ve esaslar ile uygulamadan yararlanma yöntemleri http://www.efatura.gov.tr/ adresinde yayınlanan “e-Fatura Uygulaması Gümrük İşlemleri Kılavuzu”nda ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Kılavuz; Elektronik Fatura Uygulamasında yolcu beraberi eşya ihracı ve mal ihracı faturalarını e-fatura sistemine entegre edecek ve uygulamaya ilişkin yazılım geliştireceklerin teknik konularda ihtiyaç duyabilecekleri bilgileri vermek amacıyla hazırlanmıştır.  Kılavuzda mal ihracı ve yolcu beraberi eşya ihracı faturalarının elektronik olarak, e-fatura sistemindeki işleyişi ve iş akışı açıklanmış, mal ihracı ve yolcu beraberi eşya ihracı faturasında olması gereken ek bilgiler ve kurallar anlatılmıştır.
Söz konusu Kılavuza http://www.efatura.gov.tr/efaturamevzuat.html adresinden ulaşılabilir.
Ayrıca http://www.efatura.gov.tr/anasayfa.html adresinde yapılan İHRACAT İŞLEMLERİNDE E-FATURA KULLANIM ZORUNLULUĞU HAKKINDA DUYURU’da; Gelir İdaresi Başkanlığınca “İhracat ve Yolcu Beraberi Eşya Faturalarının e-Fatura Olarak Düzenlenip Gönderilmesine İlişkin Sıkça Sorulan Sorular” başlığı altında bir doküman hazırlandığı ve http://www.efatura.gov.tr/internet adresi üzerinden tüm mükelleflerin erişimine sunulduğu açıklanmıştır. Söz konusu dökümana (http://efatura.gov.tr/dosyalar/IHRACAT_SORULARI_SSS.pdf) adresinden ulaşılabilir.
İhracat işlemlerinde e-fatura uygulaması Maliye Bakanlığı ile Gümrük ve Ticaret Bakanlığının birlikte yürüttüğü bir sistem olup; Gümrük ve Ticaret Bakanlığına ait www.gtb.gov.tr adresinde yapılan İhracat İşlemlerinde E-Fatura Kullanım Zorunluluğu Hakkında Duyuru’da konuyla ilgili olarak “E-Fatura Uygulaması Gümrük İşlemleri Kılavuzu”nun hazırlandığı ve tüm yükümlülerin erişimine açıldığı bildirilmiştir.
Söz konusu kılavuza da  http://risk.gtb.gov.tr/ internet adresi Duyurular bölümü üzerinden ulaşılabilir.