Anayasanın 130. maddesi uyarınca kanunda gösterilen usul ve esaslara göre, kazanç amacına yönelik olmamak şartıyla vakıflar tarafından, Devletin gözetim ve denetimine tabi yükseköğretim kurumları kurulabilir.
Yükseköğretim Kurulu verilerine göre 2026 yılı itibariyle ülkemizde faaliyette bulunan Vakıf Üniversitesi sayısı 78’dir. Vakıflara ait üniversitelerin birçoğunun, YÖK ve Sağlık Bakanlığı tarafından denetlenen hastaneleri ve sağlık kuruluşları bulunmaktadır Vakıf üniversitesi hastaneleri, sağlık hizmeti sunmak, tıp ve diş hekimliği öğrencilerini eğitmek ve bilimsel araştırmalar yapmak amacıyla kurulmuş olan kurumlardır.
Bu kurumlar; bir yandan hasta tedavisi yaparken aynı zamanda uzman hekim yetiştirilmesi ve yeni tedavi yöntemlerinin keşfedilmesi görevlerini bir arada yürütürler. Söz konusu kurumlar Yükseköğretim mevzuatı ve vergi mevzuatında yapılan düzenlemelerle vergi muafiyeti kapsamına alınmıştı. Ancak 7577 Sayılı Kanunla vakıf üniversitelerine bağlı hastanelere ve sağlık kuruluşlarına tanınan vergi avantajları kaldırıldı. Söz konusu sağlık kuruluşları Kurumlar Vergisi muafiyeti dışında bırakılırken, bu hastanelere sağlanan Katma Değer Vergisi istisnası da kaldırıldı.
Vakıf üniversitesi hastanelerinde kurumlar vergisi ve KDV mükellefiyeti
Vakıflara ait üniversiteler, Yükseköğretim Kanununun 56’ncı maddesi uyarınca genel bütçeye dahil kurum ve kuruluşlara tanınan muafiyet, istisna ve diğer mali kolaylıklardan yararlandığından dolayı, üniversiteler bünyesinde bulunan sağlık kurumları Kurumlar Vergisi Kanununun 4/b maddesi kapsamında kurumlar vergisinden muaftı. Ancak bu kurumların kuruluş amacının dışında devamlılık arz eden ticari, sınai ve zirai faaliyet göstermesi halinde kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis edilmekteydi. Ayrıca söz konusu kurumların KDV kanununun 17/2-a maddesi uyarınca yapmış oldukları teslim ve hizmetler de KDV den istisna idi.
7577 sayılı kanunla yapılan düzenleme ile; vakıf üniversiteleri tarafından işletilen hastane ve sağlık kuruluşların kurumlar vergisi muafiyeti sona ermiş olup, bunları kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis ettirmesi gerekmektedir. Ayrıca söz konusu kanunla Cumhurbaşkanınca vergi muafiyeti tanınan vakıflarca kurulan yükseköğretim kurumları tarafından işletilenler hariç olmak üzere, bu kuruluşların teslim ve hizmetleri KDV istisnası dışına çıkarılarak KDV ye tabi oldu.
Vergi yükümlülüğü 1 Ocak 2027’de yürürlüğe giriyor
Vakıf üniversitelerine bağlı sağlık kuruluşlarının kurumlar vergisi muafiyetinin ve KDV istisnasının sona ermesi düzenlemesi 1 Ocak 2027 de yürürlüğe giriyor. Bir mükellefin herhangi bir vergiden muaf olması, o mükellefin söz konusu vergiye tabi olmamasını ifade eder. Vergiden muaf kurumlar, muafiyetlerinin devamı süresince kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis ettirmezler ve kurumlar vergisi beyannamesi vermezler. Kurumlar vergisi muafiyeti 1 Ocak 2027’de sona erecek olan Vakıf Üniversitelerine bağlı sağlık kuruluşlarının önümüzdeki yıl başından itibaren kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis ettirmesi ve yapmış oldukları teslim ve hizmetlerden KDV hesaplaması gerekecek.
Düzenlemenin etkileri
Bu kurumlara getirilen vergi yükü, vakıf yükseköğretim kurumlarının eğitim öğretime tahsis edecekleri geliri olumsuz etkileyebilir. Böylelikle, bu hastanelerin en önemli görevlerinden olan uzman hekim yetiştirilmesi, yeni tedavi yöntemlerinin keşfedilmesi gibi görevlerinde aksamalara yol açabilir. Ayrıca bu hastanelerden hizmet alan hastalar almış oldukları hizmeti daha pahalıya almak zorunda kalabilirler.
Mahmut Bülent Yıldırım-Dünya